保証の面では、新車ディーラー系中古車店に遅れをみせていた専業店だが、最近は業界団体などが音頭をとり、保証システムの充実にのりだしている。中古車専業店は個々に独立した店だけに、これまで新車ディーラー系のように全国統一保証体制が実施できなかった。しかし、業界団体の中販連が打ちだした「グランド保証」は、同連盟に加盟している店なら、全国どこでも保証が受けられるというもの。また、全国にチェーンをもつ店でも統一保証を実施したり、新車ディーラー系の店と提携して保証制度をおこなっているところもある。
（参考）
中古車情報のグーネット
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保証の内容は中販連の「グランド保証」を例にとると、エンジンやミッション、ステアリング。ブレーキ、クラッチ、電気系統などを対象にしており、新車ディーラー系とほぼ同様。保証期間は「A保証」が一二か月または走行二万キロ、「B保証」が六か月または一万キロ、「C保証」が三か月または五〇〇〇キロまでと区分けされ、モデルや年式、走行キロなどによって、各店がどれに該当するかを決めるようになっている。もっとも、中古車専業店では保証に独自のシステムを取り入れているところも目立ち、中販連加盟の店でも自社のシステムを優先させるケースもある。